Druga generacja Audi 90 oznaczona symbolem B3 została zaprezentowana w roku 1987, krótko po debiucie nowego Audi 80. Podobnie, jak model pierwszej generacji, 90 B3 również różniło się wyglądem od podstawowej wersji. Oprócz wyposażenia, udoskonalenia objęły przednie reflektory, zintegrowane w zderzaku kierunkowskazy i światła przeciwmgielne oraz tylne lampy, które zachodziły na klapę bagażnika. Produkcja „90-tki” zakończyła się w 1991 roku. Do czasu debiutu Audi A4 w 1994 roku, wszystkie wersje „80-tki” były już oferowane pod jedną nazwą Audi 80.