Nowa Toyota Yaris uzyskała najwyższy, 5-gwiazdkowy wynik testów bezpieczeństwa pasażerów i pieszych Euro NCAP, kontynuując serię najwyższych ocen, które otrzymywały poprzednie generacje modelu. Pierwsza generacja Yarisa została nazwana w 2000 roku najbezpieczniejszym małym samochodem, a druga odsłona modelu uzyskała 5 gwiazdek Euro NCAP w 2005 roku.
Wynik trzeciej generacji Yarisa już dziś spełnia bardziej surowe kryteria pięciu gwiazdek Euro NCAP 2012, w których trudniej będzie uzyskać dobrą ocenę za ochronę pieszych.
Nadwozie nowego Yarisa zostało zaprojektowane tak, by rozpraszać siłę uderzenia czołowego, bocznego i tylnego, dzięki czemu przy wszystkich rodzajach uderzenia możliwie minimalnie odkształca się kabina.
Nowy model jest wyposażony w siedem poduszek powietrznych: czołowe dla kierowcy i pasażera, boczne, kurtynowe, oraz poduszkę kolanową kierowcy. Poduszki czołowe otrzymały nową, dwukomorową konstrukcję, dzięki czemu uzyskują większą pojemność niż dotychczas (8 litrów na wysokości klatki piersiowej i brzucha, 4 litry na wysokości miednicy).
Ponadto Yaris trzeciej generacji zyskał szereg rozwiązań podnoszących bezpieczeństwo pieszych: materiały absorbujące w zderzaku i specjalna konstrukcja maski przedniej chronią nogi i korpus i pieszego przy zderzeniu.
Yaris trzeciej generacji wyposażony jest w układy ABS, EBD, CSC (Corner Stability Control), BA (Brake Assist), TRC (Traction Control), oraz VSC (Vehicle Stability Control).