„Stoszóstka” drugiej generacji debiutowała w 1996 roku. W porównaniu do jej poprzedniczki, zmianom poddano nie tylko nadwozie (między innymi nowy kształt reflektorów), ale popracowano też nad konstrukcją auta (głównie pod kątem bezpieczeństwa). Konstrukcyjnie model był niemal kopią Citroena Saxo (współpraca obu marek w ramach koncernu PSA). Kariera Peugeota 106 zakończyła się w 2003 roku. Dwa lata później na rynku pojawił się jego następca, model 107.
