Oprócz licznych innowacyjnych udoskonaleń, poprawiających własności dynamiczne samochodu, bezpieczeństwo jazdy oraz stylistykę nadwozia, wnętrze nowego GS zostało naszpikowane najnowocześniejszymi zdobyczami techniki, zapewniając wszystkim pasażerom maksymalnie komfortowe warunki podróżowania.
Wśród nich jest energooszczędny układ sterowania nawiewem powietrza (S-Flow), opracowany z myślą o zapewnieniu wysokiej skuteczności przy mniejszym koszcie energetycznym. Układ S-Flow jest dziesięciokrotnie wydajniejszy niż układ klimatyzacji w poprzednim wcieleniu GS. Funkcja detekcji obecności pasażera pozwala zamykać wyloty wentylacyjne przy siedzeniach, na których nie ma pasażera. Ponadto układ mierzy temperaturę otoczenia, temperaturę w kabinie oraz stopień nasłonecznienia, by na tej podstawie dobierać optymalne parametry pracy. Za pomocą funkcji TAO (Temperature Airflow Output) intensywność nawiewu jest dostosowywana do każdego z siedzeń indywidualnie. Przy dużym obciążeniu (na przykład schładzaniu wnętrza latem lub nagrzewaniu zimą) układ klimatyzacji obejmuje swym działaniem całą kabinę, by szybko doprowadzić do uzyskania komfortowych warunków termicznych. Po ustabilizowaniu temperatury wnętrza układ koncentruje swoje działanie tylko na tych miejscach, na których spoczywają osoby.
W trakcie prac nad opracowaniem zcentralizowanego układu wykrywania obecności pasażera, prowadzano intensywne badania samochodu w tunelach aerodynamicznych. Następnie układ był wielokrotnie poddawany sprawdzianom na torach testowych i normalnych drogach w celu upewnienia się, że zapewnia odpowiedni komfort podczas jazdy w różnych warunkach otoczenia.
Oprócz sterowania nawiewem za pomocą funkcji TAO, niezależnie górnym i dolnym, zastosowano wielowarstwowy segmentowy mieszalnik strug powietrza, umożliwiający precyzyjne zróżnicowanie i indywidualne dopasowanie warunków temperaturowych dla kierowcy, pasażera na przednim fotelu oraz osób siedzących na tylnych miejscach. Pozwala to na przykład ustawić chłodny nawiew górnymi wylotami, by zniwelować efekt silnego nasłonecznienia, i równocześnie utrzymywać komfort cieplny na wysokości dolnych partii ciała.
Wraz z nowym układem klimatyzacji wprowadzona zostaje również funkcja 2-poziomowego sterowania dopływem i nawiewem powietrza, której działanie polega na zapobieganiu zaparowaniu szyb dzięki wymuszaniu rozprowadzania w górnej części kabiny powietrza o niskiej wilgotności pobieranego z zewnątrz, przy jednoczesnym utrzymywaniu doskonałej skuteczności ogrzewania na poziomie stóp poprzez recyrkulację powietrza wewnętrznego. W porównaniu z konwencjonalnymi rozwiązaniami, ogranicza to straty wentylacyjne ciepła związane z doprowadzaniem zimnego powietrza z zewnątrz do ogrzanego wnętrza kabiny.
Nowy GS wyposażony został również w filtr zapachów, który oprócz usuwania pyłków, kurzu itp. wychwytuje również przenikające z zewnątrz gazy spalinowe.
Nowowprowadzony układ Nano-e podnosi na jeszcze wyższy poziom jakość powietrza i komfort w kabinie. Generator Nano-e emituje szczególnego rodzaju jony, które otoczone w przybliżeniu 1000 razy większą liczbą cząsteczek wody niż jony powietrza dodatkowo nawilżają nie tylko powietrze w kabinie, ale również skórę i włosy osób w kabinie. Ponadto układ ten istotnie ogranicza natężenie nieprzyjemnych zapachów.