W 1999 roku, dokładnie w setną rocznicę istnienia marki Fiat, rozpoczęła się sprzedaż drugiej generacji Punto, co sprawiło, że było pierwszym od lat autem Fiata ozdobionym tradycyjnym, okrągłym logo marki. Otrzymał nazwę Nuova („Nowy”). Choć większość mechanizmów i podzespołów pochodziła z modelu pierwszej generacji, to linia nadwozia zmieniła się znacząco – stała się bardziej agresywna. Podobnie jak poprzednik, druga generacja modelu odniosła sukces rynkowy. W 2003 roku z taśmy zjechało ostatnie Punto II. W tym samym roku zadebiutowała gruntownie zmodernizowana wersja tego modelu, dzięki której, jeszcze w tym samym roku Fiat świętował wyprodukowanie pięciomilionowego egzemplarza Punto. Po faceliftingu w Punto zmienił się przede wszystkim przód nadwozia i choć sylwetka stała się masywniejsza, to zarazem mniej dynamiczna. Pomimo że kolejna generacja modelu – Grande Punto, została wprowadzona na rynek w 2005 roku, Punto II FL, jest produkowany także przez serbską Zastavę (na licencji Fiata) jako Zastava 10.
